Το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων του ΔΙ.ΠΑ.Ε. έχει μακρά ιστορία στον ακαδημαϊκό χάρτη της χώρας υπό διάφορα σχήματα. Το Τμήμα λειτουργεί από την ίδρυση των ΚΑΤΕ (Κέντρα Ανώτερης Τεχνικής Εκπαίδευσης) που ιδρύθηκαν με το νόμο 652/1970 και μετεξελίχθηκαν στα ΚΑΤΕΕ (Κέντρα Ανώτερης Τεχνικής και Επαγγελματικής Εκπαίδευσης) βάσει του νόμου 576/1977. Το Τμήμα στη φάση αυτή λειτούργησε ως Σχολή Τεχνολογίας Τροφίμων με δύο Τμήματα (Τμήμα Ζωικών Προϊόντων και Τμήμα Φυτικών Προϊόντων). Μετά την κατάργηση των ΚΑΤΕΕ και την ταυτόχρονη ίδρυση των Τεχνολογικών Εκπαιδευτικών Ιδρυμάτων (ΤΕΙ) με το νόμο 1404/1983 το Τμήμα λειτούργησε με την ίδια διάρθρωση μέχρι το 1985. Στη συνέχεια το Τμήμα Τεχνολογίας Τροφίμων μαζί με το Τμήμα Διατροφής και Διαιτολογίας αποτέλεσαν την Σχολή Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής η οποία με την προσθήκη του νεοσυσταθέντος (από συγχωνεύσεις) τμήματος Τεχνολογίας Γεωπονίας το 2013 μετεξελίχθηκε σε Σχολή Τεχνολογίας Γεωπονίας, Τεχνολογίας Τροφίμων και Διατροφής (ΣΤΕΓΤETΡΟΔ). Με την ενσωμάτωση του ΑΤΕΙΘ στο ΔΙ.ΠΑ.Ε, το Τμήμα μετονομάστηκε σε Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων, απέκτησε 5ετές πρόγραμμα σπουδών και ενσωματώθηκε στην Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών.

Από το 1999, το Τμήμα εφαρμόζει σύστημα μεταφοράς διδακτικών μονάδων (ECTS). Τον Νοέμβριο του 2008, το Τμήμα αξιολογήθηκε επιτυχώς από επιτροπή Ελλήνων και ξένων εμπειρογνομώνων.

Στην παρούσα φάση, το Τμήμα υποστηρίζει δύο προγράμματα σπουδών και απονέμει τα αντίστοιχα πτυχία: το προπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών στην Επιστήμη και Τεχνολογία Τροφίμων και το μεταπτυχιακό πρόγραμμα σπουδών με τίτλο «Συστήματα Διασφάλισης Ποιότητας και Οργάνωσης Παραγωγής στη Βιομηχανία Τροφίμων».