Το Τμήμα Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων ανήκει στη Σχολή Γεωτεχνικών Επιστημών του Διεθνούς Πανεπιστημίου της Ελλάδος. Κοσμήτορας της Σχολής είναι ο Καθηγητής του Τμήματος Σαμαράς Πέτρος.

Τα όργανα διοίκησης του Τμήματος είναι η Γενική Συνέλευση και ο Πρόεδρος του Τμήματος. Η Γενική Συνέλευση απαρτίζεται από όλα τα μέλη ΔΕΠ του Τμήματος και από τους εκλεγμένους εκπροσώπους των μελών ΕΔΙΠ/ΕΤΕΠ και του Συλλόγου των Φοιτητών του Τμήματος.

Κατά την τρέχουσα ακαδημαϊκή χρονιά, Πρόεδρος του Τμήματος είναι η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια  Καλογιάννη Ελένη. Αναπληρώτρια Πρόεδρος είναι η Καθηγήτρια Μωρίκη Αμαλία.