Το Τμήμα έχει σημαντική παρουσία στον χώρο της έρευνας αναλαμβάνοντας την υλοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων με σκοπό την παραγωγή γνώσης, την αξιοποίηση των αποτελεσμάτων για την επίλυση προβλημάτων που αντιμετωπίζει η βιομηχανία τροφίμων καθώς και την προβολή του Τμήματος στην επιστημονική κοινότητα.

Οι βασικοί φορείς χρηματοδότησης των προγραμμάτων είναι το πρόγραμμα «Αρχιμήδης» της ΓΓΕΤ, τα προγράμματα «Αριστεία» και «Συνεργασία», η δράση «Κουπόνια Καινοτομίας της ΓΓΕΤ», η Επιτροπή Ερευνών του ΑΤΕΙΘ όπως και ιδιώτες στο πλαίσιο συνεργασίας του Τμήματος με την βιομηχανία. Τα περισσότερα προγράμματα που εκτελούνται στο Τμήμα δίνουν την δυνατότητα επ΄αμοιβή συνεργασίας με εξωτερικούς επιστημονικούς συνεργάτες (μεταπτυχιακούς, διδακτορικούς φοιτητές καθώς και μεταδιδακτορικούς ερευνητές) εμπλουτίζοντας το δυναμικό και τα ερευνητικά αντικείμενα του Τμήματος. Μέσω ανταγωνιστικών ερευνητικών προγραμμάτων τα οποία υλοποιήθηκαν από ΕΠ αλλά και το Τμήμα συνολικά, έχουν δημιουργηθεί αξιόλογες (ακόμα και σε διεθνές επίπεδο) ερευνητικές υποδομές.

Περισσότερα από 30 ερευνητικά προγράμματα έχουν υλοποιηθεί ή υλοποιούνται στο Τμήμα κατά την τελευταία 5ετία με συμμετοχή του συνόλου σχεδόν των μελών ΕΠ του Τμήματος. Ο παρακάτω πίνακας παραθέτει κάποια από αυτά:

Τίτλος Προγράμματος Έναρξη-Λήξη Πηγή Χρηματοδότησης Συνεργαζόμενοι Φορείς
Isolation and Characterization of Polysaccharides and Oligosaccharides from Okra (Abelmoschus esculentus) 2012 – σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ ΑΤΕΙΘ, ΑΠΘ, Μπενάκειο Φυτοπαθολογικό Ινστιτούτο, ΤΕΙ Δ. Μακεδονίας
Mechanical and structural properties at the nanoscale of semiconducting films for opto- and microelectronic applications 2012 – σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ
Ενίσχυση της απόδοσης των βιοκοινωνιών ενεργού ιλύος για την επεξεργασία υγρών αποβλήτων με δύσκολα αποδομήσιμες οργανικές ουσίες 2012 – σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ
Έλεγχος των επιπέδων μυκοτοξινών και ραδιενέργειας σε προϊόντα σιτηρών του ελλαδικού χώρου 2012 – σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ ΕΛΓΟ-Δήμητρα/ Ινστ. Σιτηρών
Ανάπτυξη μελετών περιπτώσεων και διαδικτυακών εφαρμογών για την προσομοίωση φυσικοχημικών φαινομένων και διεργασιών στην επεξεργασία τροφίμων 2012 – σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ TEI Κεντρικής Μακεδονίας
Παραγωγικά χαρακτηριστικά και ποιότητα προϊόντων του Ελληνικού βουβάλου (Bubalus bubalis) σε παραδοσιακές συνθήκες εκτροφής 2012-σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ ΑΠΘ, Γεωπονικό Πανεπ. Αθηνών, TEI Κεντρικής Μακεδονίας, ΥΑΑΤ, ΕΘΙΑΓΕ, Banat’s University και Romanian Academy of Agricultural and Forestry Sciences (Ρουμανία)
Συνδυασμένες τεχνικές για την επεξεργασία υγρών αποβλήτων από βιομηχανίες τροφίμων με βιοαντιδραστήρες μεμβρανών 2012-σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ
Εμπορικά σκευάσματα Spirulina: Αναγνωρισμένα ωφέλη και κρυφοί κίνδυνοι 2013-2015 Αρχιμήδης ΙΙΙ Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας, ΑΠΘ
Καινοτόμες εφαρμογές στην τεχνολογία παρασκευής προϊόντων κεφίρ 2012-σήμερα Αρχιμήδης ΙΙΙ
Καινοτόμος τεχνική για τον προσδιορισμό της ποιότητας των ελαίων τηγανίσματος που βοηθά στη βελτίωση της ποιότητας και ασφάλειας των τηγανητών τροφίμων 2014-σήμερα Αριστεία ΙΙ
Νέες διεργασίες για την αντιμετώπιση της ρύπανσης σε βιοαντιδραστήρες μεμβρανών 2012 – σήμερα ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΙΙ ΑΠΘ, Μηχανικοί Περιβάλλοντος, Λουφάκης Χημικά
Ολοκληρωμένη επεξεργασία των υγρώναποβλήτων μελάσας υψηλής συγκέντρωσης για την ανάκτηση προϊόντων υψηλής

προστιθέμενης αξίας και τη μείωση των ρυπαντικών φορτίων

2012-σήμερα ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΙΙ ΑΠΘ, ΖΑΝΑΕ, ΕΠΕΜ
Ανάκτηση, Χαρακτηρισμός και Πρακτικές Εφαρμογές Υδροκολλοειδών κατάλληλων για Τρόφιμα από Υποπροϊόντα Ελιάς και Σταφυλιού 2012 – σήμερα ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΑΤΕΙΘ, ΑΠΘ, Κoυκάκης ΑΕ, Condito ABEE
Καινοτόμες υβριδικές διεργασίες με χρήση νανοπορωδών μεμβρανών για την επεξεργασία νερών 2011-σήμερα ΣΥΝΕΡΓΑΣΙΑ ΙΤΧΗΔ/ΕΚΕΤΑ, ΑΠΘ, INTERGEO, ΕΡΓΟΝ ΕΝΕΡΓΕΙΑ
Επίδραση της απόστασης αρμαθιών στην ποιότητα μυδιών στα διαφορετικά στάδια ανάπτυξης 2013-σήμερα Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας (ΕΠΑΛ) 2007-2013 ΑΤΕΙΘ, Τμ. Τεχνολογίας Αλιείας & Υδατοκαλλιεργειών
Προσδιορισμός και ταυτοποίηση καινοτόμων προϊόντων Π. Ο. ή Π. Γ. Ε. Αμβρακικού συγκεκριμένων ειδών της ιχθυοπανίδας του Αμβρακικού κόλπου στο πλαίσιο της αξιοποίησης και της αειφόρου διαχείρισης των ιχθυαποθεμάτων του κόλπου 2014-2016 ΠΕΡΙΦΕΡΕΙΑ ΗΠΕΙΡΟΥ ΤΕΙ ΗΠΕΙΡΟΥ
Efficient Co-Extraction of Gelatin and Lipids from Fatty Fish Processing By-Products 2012 – σήμερα ΓΓΕΤ. Ενίσχυση Μεταδιδακτόρων Ερευνητών
Ανάπτυξη διαδικασίας παραγωγικής απόσταξης ρίγανης και άλλων ελληνικών βοτάνων για την βελτιστοποίηση των αντισηπτικών τους ιδιοτήτων 2009-2011 Κουπόνι Καινοτομίας της ΓΓΕΤ Panaroma AE
Μελέτη φυσικοχημικών χαρακτηριστικών και κατάλληλης θερμικής επεξεργασίας έτοιμου πουρέ πατάτας με σκοπό τη δημιουργία ενός μικροβιολογικά ασφαλούς προϊόντος 2011-2012 Κουπόνι Καινοτομίας της ΓΓΕΤ Τάντση Αυγούστα
Ολοκληρωμένη επεξεργασία αποβλήτων με υψηλή περιεκτικότητα σε μελάσσα για την ανάκτηση προιόντων με υψηλή προστιθέμενη αξία και τη μείωση του ρυπαντικού φορτίου 2012 – σήμερα Επιτροπή Ερευνών του ΑΤΕΙΘ
Μικροενθυλάκωση αντιοξειδωτικών φυτικών εκχυλισμάτων της οικογένειας Lamiaceae από λεπτά υμένια χιτίνης / χιτοζάνης 2009-2011 Επιτροπή Ερευνών του ΑΤΕΙΘ
Καινοτόμος τεχνική προσδιορισμού ποιότητας τηγανισμένων ελαίων  2009-2013 Επιτροπή Ερευνών του ΑΤΕΙΘ
Παρασκευή και μελέτη νέων βιοαποικοδομήσιμων /βιοσυμβατών νανοσύνθετων υλικών 2012 Επιτροπή Ερευνών του ΑΤΕΙΘ Queen’s University at Kingston Canada, ΑΠΘ, ΤΕΙ Δ. Μακεδονίας
ISEKI_Food 4 -Towards the innovation of the food chain through innovation of education in Food Studies Contr. No 518415-LLP-1-2011-1-IT-Erasmus-ENW 2011-σήμερα ERASMUS THEMATIC NETWORK Università degli Studi di Teramo
Βιοϋλικά από φυσικά πολυμερή για εφαρμογές μεταφοράς φαρμάκων 2012-σήμερα ΙΚΥ University of Wurzburg, Germany
Ανάπτυξη αρτοσκευασμάτων ελεύθερων γλουτένης με υψηλό πρωτεϊνικό περιεχόμενο και υψηλή περιεκτικότητα σε διαιτητικές ίνες μέσω της εκμετάλλευσης εδώδιμων φυτών 2011-2013 ΕΣΠΑ Κύπρου ΥΓΕΙΑ/ΤΡΟΦΗ/0609(ΒΙΕ)/08 Γενικό Χημείο Κύπρου
Αναλύσεις εκπομπών στα απαέρια της Βιομηχανίας Κατεργασίας Σιδήρου ΣΟΒΕΛ 2012 – 2013 ΣΟΒΕΛ
Επίδραση προσθέτων και άλλων ουσιών στις φυσικοχημικές και οργανοληπτικές ιδιότητες αλλαντικών 2011-2013 Σιββάς ΑΕ
Διαγνωστική μελέτη του προβλήματος της μετανάστευσης συστατικών της γέμισης των croissants στην ψίχα του αρτοσκευάσματος 2013-2013 CHIPITA SA CHIPITA SA
Δοκιμές παραγωγής σε πιλοτική κλίμακα και αποστείρωσης γαλακτώματος τύπου «κρέμας γάλακτος με φυτικά λιπαρά» 2013-2013 ΓΙΩΤΗΣ ΑΕ ΓΙΩΤΗΣ ΑΕ
Ανάπτυξη και εισαγωγή βιοτεχνολογικών καινοτομιών, που αξιοποιούν μοριακούς γενετικούς δείκτες, στη γενετική βελτίωση της καλλιεργούμμενης τσιπούρας (Sparus aurata) 2013-2015 ΝΗΡΕΥΣ ΙΧΘΥΟΚΑΛΛΙΕΡΓΕΙΕΣ Α. Ε. ΕΛΚΕΘΕ
Χαρακτηρισμός γυάλινων περιεκτών  2013-2013 Ν. ΩΝΑΣΗΣ ΑΕ Ν. ΩΝΑΣΗΣ ΑΕ
Μελέτη της επίδρασης της σύστασης και της θερμικής επεξεργασίας γαλακτωμάτων στις ιδιότητες της λιπαρής φάσης 2015-2015 ΓΙΩΤΗΣ ΑΕ ΓΙΩΤΗΣ ΑΕ
Μελέτη φαινομένων που συμβαίνουν κατά τη συντήρηση συστημάτων πραλίνας και μαρμελάδας εντός της ζύμης του croissant 2014-2015 CHIPITA SA CHIPITA SA