Το Τμήμα έχει σημαντική παρουσία στον χώρο της έρευνας αναλαμβάνοντας την υλοποίηση ερευνητικών προγραμμάτων με σκοπό την παραγωγή γνώσης, την αξιοποίηση των αποτελεσμάτων για την επίλυση προβλημάτων που αντιμετωπίζει η βιομηχανία τροφίμων καθώς και την προβολή του Τμήματος στην επιστημονική κοινότητα.

Οι βασικοί φορείς χρηματοδότησης των προγραμμάτων είναι το πρόγραμμα «Ερευνώ – Δημιουργώ –Καινοτομώ», τα προγράμματα «Αριστεία» και «Συνεργασία», η δράση «Κουπόνια Καινοτομίας και το πρόγραμμα «Αρχιμήδης» της ΓΓΕΤ», η Επιτροπή Ερευνών του ΔΙΠΑΕ όπως και ιδιώτες στο πλαίσιο συνεργασίας του Τμήματος με την βιομηχανία. Τα περισσότερα προγράμματα που εκτελούνται στο Τμήμα δίνουν την δυνατότητα επ΄αμοιβή συνεργασίας με εξωτερικούς επιστημονικούς συνεργάτες (μεταπτυχιακούς, διδακτορικούς φοιτητές καθώς και μεταδιδακτορικούς ερευνητές) εμπλουτίζοντας το δυναμικό και τα ερευνητικά αντικείμενα του Τμήματος. Μέσω ανταγωνιστικών ερευνητικών προγραμμάτων τα οποία υλοποιήθηκαν από ΔΕΠ αλλά και το Τμήμα συνολικά, έχουν δημιουργηθεί αξιόλογες (ακόμα και σε διεθνές επίπεδο) ερευνητικές υποδομές.

Ο παρακάτω πίνακας παραθέτει κάποια από τα ερευνητικά προγράμματα έχουν υλοποιηθεί ή υλοποιούνται στο Τμήμα κατά την τελευταία 5ετία :